正式には法流山本國寺（日蓮宗）といい、弘仁二年（811）、真言宗の寺院として開山し、文明三年（1471）、土気城主酒井氏の七里法華政策（法華経への改宗）で日蓮宗に改宗し、現在の寺名に改めた。
江戸初期には宮谷（みやざく）壇林（今の大学）が置かれ、多くの学僧で賑わった。

明治２年、宮谷（みやざく）県が誕生し、本國寺に県庁が置かれた。 初代知事は柴山典（1822-1884）で、独断専行ながら激動期の県政をよく治めたが、明治４年の宮谷騒動（吏員の反乱）で解任された。

その後の廃藩置県で宮谷県が廃止され、新たに木更津・新治・印旛の３県が置かれた。 明治６年、木更津県と印旛県が統合され、新治県の一部を茨城に割譲して、現在の千葉県ができ上がった。 県政の揺籃期を伝える歴史資産で、県史跡に指定されている。

正式には妙高山正法寺（日蓮宗）といい、開山は長禄二年（1458）、小西城主原氏が本土寺（松戸）から僧日意を招いて居館を提供したのが始まりとされる。

戦国期の天正十八年（1590）、小西壇林が置かれ、飯高壇林（匝瑳市）、中村壇林（多古町）と並び関東法華三壇林と称された。 寛政三年（1791）の寺域図では５坊18殿72学寮を有し、学僧900人余が学んだというから、規模の大きさが分かる。

現在の本堂は、古くは講堂だった建物で、葵の紋が付いている。 もとは東金・八鶴湖畔にあった将軍家の東金御殿の建物の一部で、四代将軍家綱が東金御殿を廃した際、正法寺に寄進され、寛文十一年（1671）に移築された。

朱塗りの中門も、延宝六年（1678）に家綱が寄進している。 篇額の「妙高山」の文字は、後西天皇の第十一皇女・理豊の筆で、上部に菊の御紋が付いている。

矢口神社の春季例祭と秋季例祭に、悪魔払いとして奉納される。

もとは慶長年間に隣の萱場村から伝えられたとされ、江戸期の元禄十三年（1700）、永田村富谷に小中村本社から分宮して矢口神社が創建された際、鎮座祭に奉納したのが始まり。

演目は「布の舞・幣束の舞・鈴の舞・剣の舞・お染獅子」などが伝わる。 特に「お染獅子」は、振袖姿の獅子に道化のひょっとこ、おかめが登場して赤子を預ける内容で珍しい。 後継者難で久しく途絶えていた演目で、近年復活させて芸能祭などで演じられている。